坐拥强大科学力量的帝国，以及以“魔女之国”的威名受到世人畏惧的涅比利斯皇厅。 在没有尽头的两国战场上，少年与少女相遇了。 以史上最低龄晋升帝国最强战力的剑士──伊思卡。 被称为皇厅最强的寒冰魔女公主──爱丽丝莉洁。 “若逮得住本小姐，你说不定真能实现自己的梦想呢。” “你才应该将我打倒，好让你能在统一世界的路上前进啊。” 两人以宿敌的身份展开了廝杀。然而，少年被少女的美貌和高洁的姿态夺走了心， 少女也迷上了少年的强大和生存之道。即便两人无法并肩而行，唯能战至一方倒下 相互敌对的少年少女，将展开革新世界的英雄传奇！
故事发生在著名的山吹高中美术系，单纯善良的少女由乃（阿澄佳奈配音）一直希望能够成为这里的学生，如今，身着山吹高中校服的她总算实现了自己一直以来的愿望。因为家离学校很远，由乃不得不在学校附近寻找可以居住的宿舍，就这样，她来到了向阳庄，在这里，由乃会遇见怎样有趣的朋友们呢？
活泼可爱天然呆的宫子（水桥香织配音）、个性温柔但发起火来超级可怕的寻（后藤邑子配音）、正直刻苦的沙英（新谷良子配音），在向阳庄里，住的都是一些个性迥异又特立独行的住客们，在她们的围绕之下，充满了趣味和意外的日常生活就此拉开了序幕。
八坂一（三瓶由步子配音）是一个普通的少年，每年夏天，他都要借宿于祖父位于海边的老宅。这一年是注定不平凡的一年，在方舟咖啡馆里，阿一遇见了令他一见钟情的女子——岚山岚（白石凉子配音）。岚亮丽的外表和开朗的性格吸引着阿一的注意，但更重要的是，当阿一和岚的双手相触之时，他们居然穿越回了古代的日本！
原来，岚的实体在二战时期早已死去，现在出现在阿一面前的，是一种被称之为“幽灵体”的存在，当幽灵体遇到了特定的人物时，便能够激活其穿越时间的能力。在咖啡馆里，越来越多的幽灵体聚集在了一起，在她们对于往昔的思念和忧伤之中，岚和阿一发展出了一段超越了时空的爱恋。
八坂一（三瓶由布子配音）是一位热爱科学的平凡少年，他坚信世界上的一切都可以用科学解释。然而，某一日，八坂一邂逅了名为岚山小夜子（白石凉子配音）的神秘少女，她的出现以及随后而来的不思议事件颠覆了八坂一的全部世界观。
两人的相遇令他们获得了穿越回过去的特殊能力，与此同时，女扮男装的上贺茂润（小见川千明配音）、同样拥有穿越时空的能力的德国少女可雅（名冢佳织配音）、一直追随着小夜子的墨镜男村田英雄（安元洋贵配音）、痴情而又倔强的山崎加奈子（堀江由衣配音）以及身世神秘的少女伏见弥生（野中蓝配音），这些角色接二连三的出现在八坂一的身边。
乍看之下，宫本蕾贝卡（斋藤千和配音）是一个满头金发的11岁少女，她的外表可爱个性胆小，是个人见人爱的小不点。令人想不到的是，蕾贝卡居然是毕业于麻省理工大学的天才少女，并且，她还有着一份正式的职业——桃月学院一年C班的班主任。面对着这个娇小的班主任，一年C班的同学们发出了不可置信的呼声。然而随着接触的深入，他们发现，这个外表萝莉的老师，却有着一颗正直勇敢的心。
在桃月学院里出没着各式各样有趣的家伙，C班的神秘老头子（大竹宏配音），D班的酒鬼五十岚美幸（大原沙耶香配音），B班的早乙女（花轮英司配音），再加上每个班级里鬼灵精怪的同学们，蕾贝卡快乐的校园生活开始了。
改编自广山弘原作的《Fate/staynight》外传漫画《Fate/kaleidliner魔法少女☆伊莉雅3rei!!》第7卷内容。剧情作为电视动画《Fate/kaleidliner魔法少女☆伊莉雅》的前传，“平行世界”中卫宫士郎和美游两兄妹的故事。
“我想我可以说出来了。我与美游的……至今为止的故事”
世界向着毁灭前进。能够阻止毁灭的步伐的，唯有身为“圣杯”的美游的牺牲而已。要选择世界，还是美游——。面对发起“世界的救济”的恩兹华斯所提出的这个问题，伊莉雅给出的答案是，“拯救双方”这种单纯的“任性”。
战斗迎来暂时的休止，一行人暂时栖身于美游与士郎成长的家中。在众人团聚的途中，士郎开始讲述自己与美游的过去。
曾经能够无差别地实现任何愿望的神稚儿美游。士郎将无家可归的她带回了自己与切嗣一同生活过的家里。在那之后过了5年。两人如同亲兄妹一般度过着平稳的生活。
但是这样的日常却突然迎来了结束。造访美游老家的两人。在他们的面前，将美游当成“奇迹”地追求的朱利安出现了——。
美游与士郎、恩兹华斯的因缘，在此揭晓。
梅普露沉迷于VRMMO『NewWorldOnline』。防御力拉满，刚开始玩的时候想成为耐力型游戏玩家。她取得了多个凶恶的技能，并经历了一次又一次的蹂躏！因为异常的战斗状态，被人们视为“幕后黑手”级别的有名玩家。
和好朋友莎莉一起创建的公会【枫树】也吸引了很多个性独特的可靠的同伴，他们的联系进一步加强。然后—游戏里添了新的楼层，和曾经的对手联手，增加新的伙伴，还有新的活动开办！？
在这里果然也会看到梅普露他们的大显身手……？
世界很宽广，冒险将越来越有趣！
故事发生在一个名为NewWorldOnline的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。
在好友白峰理沙（野口瑠璃子配音）的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。
原本还算有着可爱的脸蛋，可是不知为何总给人一种阴冷诡异不好接近的感觉。这便是刚刚升入高中不久的黑木智子（橘田いずみ配音），她蓬头垢面，少言寡语，脸上是极度痴迷游戏后留下的黑眼圈。原本以为自己会成为乙女游戏中众星捧月的校花，谁知却注定要成为没有朋友、无人关注的丧女。更无法忍受的，是初中与之同类型的死党成濑优（花澤香菜配音）都有了翻天覆地的变化。当然，拥有强大内心的智子绝不会因此自甘沉沦，她暗自嘲笑同学的肤浅与轻浮，在妄想世界里体会着前所未有的快乐。只不过依旧耐不住寂寞，这又化作了自卑、嫉妒和各种恶毒的心语。实在逼到极点，便朝向弟弟智贵（中村悠一配音）。总之，她之所以变成这样，都怪这个世界和周围人而已……
本片根据谷川ニコ的同名漫画改编。
拥有可以毁灭世界之能力的魔王阿诺斯（铃木达央配音）因为厌倦了打打杀杀，被所有人恐惧的生活，而选择了转生，来到了两千年之后。让他没有想到的是，这个世界因为失去了魔王的威胁，魔法日渐衰落，他的子孙们一个个的都成为了手无缚鸡之力的软蛋。
阿诺斯进入了专门培养魔王转生者“魔王学院”就读，哪知道自己竟然在那里被打上了“不适任者”的标签，所有的人都瞧不起他。只有一位名叫米夏（楠木灯配音）的少女和其他人不一样，对待阿诺斯非常的亲切，于是阿诺斯决定让米夏成为自己的部下，并发誓要展现自己真正的实力，一步一步的爬上魔族阶级制度的最顶端。
就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片。有一天遇到了从凛手上逃出来的万花筒之杖，并被强制变成魔法少女，成为魔法红宝石的持有人，被魔法红宝石的原主人凛强制要求帮其收回卡片。借由魔法红宝石的力量变身为魔法少女·Prisma伊莉雅。平常喜欢看魔法少女的动画DVD，所以愿望是成为魔法少女。就读穗群原学园小学部，兴趣是看动画。跑50米短跑总是不输给男生，但是却输给美游。因处理地脉正常化的仪式出了差错，导致从伊莉雅身上分离出来并实体化的人格。皮肤较伊莉雅黝黑，发色也偏银色，服装类似Archer，但比较裸露。性格较伊莉雅来的狡猾，但除了凛、露维亚、美游及伊莉雅的母亲外，没人认得出来她不是伊莉雅，为了方便和伊莉雅区别，而被凛取名叫“小黑”，而克洛伊·冯·爱因兹贝伦为自己掰出来的名子。原本为了抹除伊莉雅而不择手段的攻击，但被凛及露维亚活捉，并被下了共享痛觉的血印诅咒，计划因此泡汤，之后转学到伊莉雅班上。伦敦时钟塔的魔术师，魔法红宝石原持有人，根据大师傅的命令而与露维亚一起来到冬木市进行卡片的回收工作。擅长的魔术是宝石魔术，本期时钟塔的首席候选。刚刚留学。因使用魔法少女的力量与露维亚争执，而被红宝石抛弃。本作的凛个性较为活跃；服装也较为多变与少女化倾向。而第二部开始，因为宝石用完却没钱补充的关系，便在露维亚的家中担任女仆，对士郎有好感。与凛一起回收卡片任务的魔术师。魔法莎菲亚的原持有人，由于在冬木市的上空与凛开始争执而被魔法蓝宝石抛弃。芬兰人，是魔术世家艾德费尔特当家，虽然非常富有但本身却非常讨厌无谓的花费；和远坂凛同样擅长宝石魔术，曾说过：“荷包的深浅之别就代表战力之间的决定性差距！”在时钟塔留学时遇见与自己能力类似的远坂凛，因个性不合导致两人交恶，甚至是已经到了水火不容、一山不容二虎的地步，每次一见面绝对是以开战收场，对士郎有好感，总会妄想自己与士郎结婚的未来。自称爱和正义的魔法杖。被称之为愉快型魔术礼装，虽然是人工天然精灵但是性格恶劣。第二魔法的应用的一级品的魔术礼装。能够使用多元转变，让使用者能够下载平行世界的技能。在变身的同时能够让使用者使用A级的魔术障壁、物理保护、促进治疗、身体能力强化等常备能力。